Senza sapere che font hai usato nella tua tesi è difficile dire dove possa essere l’inghippo.
Se hai usato pstricks tieni presente che le moderne distribuzioni del sistema TeX contengono anche pacchetti del tipo pdftricks e simili (cerca nella cartella …/textmf-dist/doc/latex/ andando a vedere le sotto cartelle che cominciano con le lettere pdf) con questi pacchetti puoi usare direttamente pdflatex; quando si incontrano le figure negli ambienti scritti per pstricks, questi pacchetti ne estraggono il contenuto, lo compilano a parte, lo trasformano in ps, poi in pdf, e infine lo importano in pdf nel documento originale; magari inizialmente il tutto sembra molto rallentato, ma in realtà le volte successive se quelle figure non sono state modificate, non dovrebbero manifestarsi rallentamenti perché le figure pdf necessarie ci sono già.
Questo te lo dico perché è possibile che con i font che hai usato i rispettivi glifi non siano stai incorporati perché non sempre lo sono tutti i font anche quelli che dovrebbero essere presenti su ogni macchina, quindi è possibile che Okular o Evince eseguano delle sostituzioni con font non conformi. Quando si usa pdflatex, invece tutti i font usati nel documento vengono incorporati,