@Toti85,
non fidarti dei colleghi, assolutamente; il tuo preambolo contiene delle case discordanti oltre agli errori palesi che ti sono stati segnalati; già l’idea che i colleghi ti pottessero passare delle cose dove carichi due pacchetti per le “sotto figure”, quando ne basta uno solo, possibilmente il più recente, è singolare; che ti consigliassero di impostare i margini in quel modo che non si usa più da circa 20 anni, perché oggi il pacchetto geometri fa quelle cose molto meglio, fa ben vedere come ripieghi che erano necessari con il vecchio LaTeX209 (ufficialmente defunto nel 1994) dimostrino un catena di trasmissioni di informazioni errate che si tramandano da moltissimo tempo.
Avrai del resto notato che scrivendo “oneside” le pagine non usano mai \evensidemargin, ma solo \oddsidemargin; e che lo specchio di stampa è tutto spostato verso destra con margini piuttosto grandi, ma con quello di destra circa 6mm più piccolo di quello di sinistra; prova a mettere twoside al posto di oneside (poi puoi sempre ripristinare) poi imposta il tuo visualizzatore pdf in modo che sullo schermo tu possa vedere contemporaneamente due pagine affacciate e ti rendi conto della porcheria che viene fuori.
Usa geometry, come ti ho consigliato sopra.
Le immagini: gif e eps? gif mi stupisce; forse funziona perché ha una distribuzione non standard; comunque le immagini gif non sono compresse e se vuoi immagini di buona qualità, il file finale della tua tesi viene di dimensioni esagerate. il formato jpg per le foto e il formato png per i disegni al tratto vanno meglio; per questi ultimi andrebbero ancora meglio i formati vettoriali, ma perché usi epsfig? se compili con latex, non ha bisogno di epsfig, perché graphicx fa tutto da solo; se compili con pdflatex e ha una distribuzione almeno del 2010, possibilmente del 2011, anche in questo caso pdflatex fa tutto da solo e ingloba le immagini eps benissimo (in realtà se le trasforma in formato pdf conservandone la vettorialità)
Per le incongruenze controlla quello che hai specificato come opzioni al pacchetto caption e quello che hai scritto per personalizzare le didascalie. Sono palesemente in contrasto. togli la personalizzazione delle didascalia con il font di dimensione footnotesize che è troppo piccolo rispetto a quello del testo.