Diciamo che subfig è di Stephen Cochran ed è stato aggiornato l’ultima volta nel 2005; per funzionare bisogna che si carichi caption in modo esplicito; nella documentazione che accompagna il pacchetto vi si dice che delle varie opzioni di posizionamento delle didascalie solo top e bottom continuano a funzionare.
Subcaption è di Axel Sommerfeldt ed è stato aggiornato nel 2011. Nella documentazione vi si dice esplicitamente che è incompatibile con subfigure e subfig; richiede caption e se lo carica da solo; sembra che sia completamente compatibile con caption e che tutte le funzionalità di caption siano mantenute.
Per dire quale dei due si migliore (subfig o subcaption) bisognerebbe fare delle prove estensive. Tuttavia quasi 7 anni di differenza di età mi lascerebbero propendere per la soluzione subcaption.