La maniera in cui hypefref genera i book mark è molto complesso e ha bisogno di un contatore a cui si possa re riferimento per gesire i book mark.
Ora penso, senza avere ssaminato il codice che se cancelli quelle sei righe non incrementi il famoso contatore nascosto e quindi viene rimandato all’unico valore puntato dalla inizializzazione del contatore.
Scommetto che se fai andare pdflatex un paio di volte, nel file log ci trovi dei messaggi che quell’anchor è già stato usato e che gli altri nookmark allo stesso anchor vengon ignorati.
Allora ti propongo quest’àltra cosa;
Decommenta quell sei righe, ma prima di ogni \addcontentsline mettici il comando \phantomsection; questo inserisce un altro anchor diverso da quello che hyperref avrebbe spontaneamente usato e non dovrebbe generarsi un duplicato di bookmark. naturalmente quello che aggiungi deve contenere un testo completamente diverso da quello che compare nel titoli dei song adiacenti.
Naturalmente, non scrivendo canzoni, e non usando il pacchetto songs (che in TeX Live non c’è), può darsi benissimo che ti abbia scritto delle fesserie; tuttavia, dalla piccola esperienza che mi sono fatto con hyperref ho trovato dhe \phantomsection cura moltissimi mali.