Suppongo che tu abbia deciso per mettere i riferimenti ai paragrafi fra parentesi tonde a ragion veduta e che tu abbia un buon motivo per farlo. Per le equazioni c’è una tradizione consolidata, ma per i paragrafi non solo non c’è una tradizione in tal senso, ma sono sicuro di avere visto più di un libretto di istruzioni editoriali che esclude le parentesi in questo caso, e spesso le esclude anche per le equazioni. Tali libretti specificano quali parentesi usare per le equazioni e per le citazioni bibliografiche, ma mai per i paragrafi.
Per le cifre minuscole se usi invece del pacchetto lmodern per scrivere con i caratteri di default (i Computer Modern riveduti e chiamati Latin Modern) puoi usare il pacchetto cfr-lm che usa i Latin Modern in modo piuttosto esteso e consente diverse scelte sia per le cifre sia per il carattere cosiddetto typewriter type; con questo pacchetto di default le cifre escono minuscole, e il carattere da macchina da scrivere esce con spaziatura proporzionale; leggi la documentazione del pacchetto con texdoc cfr-lm perché le opzioni che puoi specificare sono molte e i comandi per usare la varie forme(per esempio cifre maiuscole o minuscole) sono tanti.
Stai solo attento a NON usare le cifre minuscole in matematica; eleganti fin che vuoi, ma in matematica producono facilmente delle incomprensioni e dei fraintendimenti. Sono quasi sicuro che siano vietate dalle norme ISO, ma non potrei metterci le mani sul fuoco.