Per togliere le sezioni dall’indice generale puoi dare il comando
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\setcounter{tocdepth}{0}
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Per inserire il solo numero della sezione senza titolo nin linea con il testo o modifichi la definizione del comando interno di LaTeX che descrive il modo di comporre la sezione, oppure usi uno dei tanti pacchetti come titlesec (certamente non facile da usare, ma molto potente: documentazione da leggere con texdoc titlesec) Il comando specifico che potresti usare è \titlespacing dopo aver specificato con \titleformat il formato runin.
Io so farlo modificando i vari comandi per creare \section, \subsection, \subsubsection, eccetera; non l’ho mai fatto usando titlesec, ma ho l’idea che con l’uso di questo pacchetto sia molto più facile e meno prono a combinare disastri come succede quando si modificano le cose interne di latex senza conoscere le idiosincrasia.