Come autore di TOPtesi non mi è mai venuto in mente di configurane l’installazione per l’uso con LyX. E non ci penso nemmeno ora, quando sconsiglio sempre di usare LyX; le tue difficoltà derivano dal voler usare un programam che si dice aperto ad inclusioni, ma pone più vincoli di un normalissimo text editor adatto ai programmi del sistema TeX, come per esempio il multipiattaforma TeXworks che se hai TeXLive montato su macchina Windows o su Mac è già installato, e se usi una macchina Linux puoi verosimilmente scaricare dalla rete già compilato. E un editor semplicissimo da usare e ha il vantaggio di avere un visualizzatore integrato del risultato finale in formato pdf con possibilità di muoverti con un click da una finestra all’altra nei punti corrispondenti. Poi puoi anche scegliere editor più ricchi di prestazioni, ma tutti sono meglio di LyX e nessuno ti pone questo genere di problemi.
Nota che anch’io ho LyX montato sulla mia macchina, ma lo uso per scopi molto diversi e anche molto raramente per questi scopi speciali, non lo userei mai per comporre un qualunque documento. Prima lasci LyX, prima vivi felice.