Secondo me dipende da come è fatto dentro il file PDF. Anteprima non fa che staccare una pagina con tutti gli annessi e connessi di font e di pdfobject e altre diavolerie del genere, poi esegue quello che potremmo chiamare un trimming e un clipping; Il trimming cambia di fatto il bounding box della pagina per adattarlo a a quanto è stato selezionato, e il clipping rende invisibile quello che sta fuori dal bounding box. Tutto ciò non è molti diverso da quanto fa il comando \includegraphics con le sue opzioni, e il tutto viene realizzato dal driver che sarà quello del pdf o del dvips (a seconda che si stia lavorando con pdflatex o con latex) e quindi il tutto è demandato al linguaggio pdf o al linguaggio postscript.
Se vi da fastidio il testo invisibile, come è probabile, o compilate a parte la roba da includere, in modo che quando sta fuori dalla parte selezionata non contenga niente; oppure usate Inkscape per cancellare le parti che stanno fuori e non volete mostrare; oppure usate Adobe Acrobat Professional, che a quanto mi risulta è capace di eliminare il testo invisibile (in realtà non ho mai provato questa funzionalità, ma riferisco solo quello che ho letto nei vari menù di AAP).