Io sono persino stupito che makeindex, il motore di alfabetizzazione che viene lanciato da imakeidx riuscisse a ordinare in qualche modo delle entry in greco codificato utf-8. Incredibilmente sorpreso; il fatto poi che metta le parole che cominciano con un diacritico dpo quelle senza diacritico non mi stupisce affatto perché nella tabella unicode vengono dopo (hanno indirizzi più alti) delle corrispondenti lettere senza diacritici.
Secondo me texindi dovrebbe poter lavorare correttamente con i caratteri accentati e in codifica utf-8; per i caratteri latini non ho dubbi; per quelli greci probabilmente bisogna preparare una lista di ordinamento raggruppando le maiuscole e le minuscole con accenti vari secondo un ordine che inserisca questi cluster fra le consonanti nello stesso posto che occuperebbe la vocale minuscola non accentata. Ma credo che sia un lavoraccio, anche perché alphaacute va prima o dopo di alphagrave? le maiuscole e le minuscole con gli stessi accenti con che ordine vanno messi? e via di seguito con altre domande dello stesso genere.