Non sarebbe male avere a disposizione una parte del tuo file eortologico .idx per vedere come lavorarci sopra.
Dopo molti pensieri ho escluso che il problema si possa risolvere con makeindex, che è sostanzialmente un motore a 8 bit, che non può lavorare su file unicode. quindi se si modifica la sort_rule per adattarlo alla traslitterazione senza accenti del greco LGR, poi le voci scritte in alfabeto latino vengono male, cioè in disordine.
Bisogna per forza ricorrere a xindi; si tratta di scoprire come fargli leggere le codifiche e le sort_rule giuste in modo che non combini pasticci fra le entry in greco e quelle in caratteri latini. I file ci sono e unicode tiene ben distinti i codici delle lettere latine, anche accentate, da quelli greci anche accentati.
Dunque un esempio reale con una cinquantina di righe \indexentry{…}{…} sarebe molto utile; il tramite della dropbox va benissimo.