Dovresti inviare qualcosa che anche gli altri possano compilare; il tuo esempio non è compilabile dagli altri perché mancano i file delle figure. Certo gli altri potrrebbero sostituire il comando \includegraphics con i suoi argomenti con qualcosa d’altro, con immagini di cui dispongono già, ma capisci che cosi facendo li obblighi a consumare del tempo inutile per modificare il tuo codice per cose inessenziali, quando il baco non dipende dall’immagine da includere.
Ora se carichi subfig non caricare caption, perché se lo carica da solo e si carica la versione giusta; dopo, se vuoi può usar elo stesso impostazioni per il pacchetto caption per dare una forma non standard alle tue didascalie.
Il doppio ?? dipende dal fatto che non hai fatto girare pdflatex due volte. I riferimenti incrociati sono corretti solo dopo la seocnda compilazione; dopo la prima essi sono sempre sostituiti da punti interrogativi.
Con questo non dico che devi ignorare i warning, ma devi leggerli bene per riuscire a separare le cause dagli effetti; spesso il programma di compilazione si accorde di qualcosa che non va quando ormai l’errore o la causa vera delle sue lamentazioni è già passato; ti metto solo in guardia a maneggiare i warning con un po’ di astuzia, per non perdere troppo tempo in direzioni che non hanno nulla a che vedere con la causa vera del problema.