Allora, fra i tanti, usa il pacchetto cfr-lm, invece di Times o txfonts o altro; sono i Latin Modern (tutto sommato un po’ più chiari e larghi dei Times, ma accettabili e completi anche dal punto di vista della matematica).
Leggi la documentazione con texdoc cfr-lm dando questo comando da terminale; le possibilità sono talmente tante che se non leggi il manuale non puoi usarli correttamente; se non esprimi nessuna opzione i numeri sono “minuscoli” sempre, non solo nelle testatine; per averli solo nelle testatine devi usare i potenti comandi del pacchetto che ti segnalo.
Ancora è un pacchetto sperimentale, ma sufficientemente stabile tanto da essere già distribuito in TeX Live completa; non so per MiKTeX completa, ma il pacchetto che è in rete sembra essere del 30 maggio 2010, quindi non è una novità di questi giorni.