Premsso che non hai allegato il file zip, è evidente che prima di \documentclass non puoi usare nessuna comando LaTeX. domnque, come dici tu,
Ma nel file \documentclass non è assolutamente presente!!!
è ovvio che se cerchi di compilare un file che NON contiene la riga \documentclass, al primo comando LaTeX che incontra (nel tuo caso \usepackage) il compilatore protesta e ti spiega perché.
Il tuo prof. fa bene a non avere LyX; sta a te fornirgli della roba compatibile con qualunque sistema operativo e non legato a nessun software esterno al sistema TeX. Quindi o impari a esportare bene i file LyX in formato TeX, oppure abbandoni LyX e usi solo gli shell editor che permettono di gestire i file TeX in modo più diretto.
Nota che LyX non è altro che un editor capace di interpretare in parte il markup di LaTeX e presentarti sullo schermo qualcosa che assomiglia al risultato della compilazione con LaTeX; all’inizio, quando si è veramente principianti, questo approccio sembra molto seducente (mi vengono in mente il serpente ed Eva) ma dopo poco ci si rende conto che LyX lega le mani er fare quello che LUI è capace di fare, non quello che LaTeX è in grado di fare.
Prima abbandoni LyX prima vivrai felice.
PS: non storco nessun naso; io sul mio portatile Snow Leopard ho anche LyX; lo uso una volta all’anno quando ho bisogno di esportare dei file in formati strani nel formato LaTeX; per il resto mi guardo bene dall’usarlo. Nel mio Lion non l’ho nemmeno montato; ora per queste esportazioni preferisco usare Libre Office e il plugin Writer2LaTeX.