Jabref è un programma/script Java che fa più o meno le stesse cose di BibDesk, ma con una grafica diversa; forse è persino più semplice. Su Linux non dovresti avere problemi ad usare script java.
Il file .bib prodotto da JabRef ha lo stesso formato di quello prodotto da BibDesk e questo è quello che conta per poter lavorare su entrambe le macchine.
Ho usato un buon vecchio IBM AT fino a quando è uscito win95; saltando la fase del Win3.1, visto le lamentele che scaturivano da ogni utente di quella prima “rivoluzionaria” versione di Windows. Avev acquistato un editor shareware per DOS che permetteva di fare del vero editing sui file testuali in modo comodo e permettendo di gestire contemporaneamente diversi file, ma non sapeva nulla di TeX e Latex; dalla finestra comandi. l’unica che DOS avesse, davo a mao in comandi per compilare e visualizzare il DVI; poi mi ero costruito uno script/procedura bat (linguaggio usabile anche oggi, ma la maggior parte degli utenti di Windows non sa di avere sotto il cofano un motorino mica male per una macchina windows) che mi eseguiva la compilazione e lanciava il visualizzatore DVI. Quando poi è stato disponibile il formato PDF e Adobe Reader {che allora si chiamava Acrobat Reader) non è stato difficile produrre con la proceura bat riscritta anche il file PDF e il lancio del Reader.
Comunque vorrei anche aggiungere che TeXworks forse offre meno del minimo sindacale e, infatti, nonostante sia pensato per un approccio dolce al sistema TeX, non lo consiglio ai novizi. Tuttavia finora è l’unico programma che consente di aprire un file codificato, diciamo latin1 (essendo TeXworks cnofigurato per la codifica utf8), di scoprire con quale codifiaca è stato scritto il file, anche se non contiene nesusn “suggerimento” delle intenzioni codificatorie di chi l’ha scritto, di ricaricalo con un solo click con la codifica giusta e di salvarlo in codifica utf8 o altra codifica a piacere., sempre con un solo click. Certo questo ragionamento non interessa un neofita, ma visto che@antolap è un neofita, si ricordi di questo commento quando scoprirà le varie codifiche che ci sono in giro e dovrà procedere alla conversione.