Ho smontato dal mio Mac sia Texmaker che TeXstudio, quindi non posso parlare con certezza, ma gli indirizzi di accesso ai file della tesi sono tutti relativi alla cartella che contiene il main file, quindi sono eventuali spazi a valle della cartella (che anche su windows si chiama e si indica con .\) che non devono avere spazi.
Per altro il problema degli spazi nei nomi dei file dà sempre problemi ai programmi del sistema TeX, ma per quel che riguarda Texmaker e TeXstudio, se ben ricordo, i comandi che erano indicati nella sezione Motori del dialogo di configurazione permettevano di racchiudere il nome del file (indicato mediante l’agglutinazione di caratteri come % o $ con l’estensione giusta) fra virgolette doppie alte; questo è il metodo per far trangugiare a TeX anche nomi di file e di cartelle contenenti spazi.
Se poi, invece, prendi l’abitudine di eliminare gli spazi dai nomi delle cartelle e dei file (usando, per esempio, _ per riempire lo spazio fra due parole) tutti i problemi derivanti dagli spazio spariscono.