Io ho la versione 3.08.
Dai tuoi screen shot il programma sembra configurato bene; a questo punto la domanda sarebbe la seguente; il tuo MacTeX è la versione del 2011? Oppure non usi MacTeX ma usi un’altra distribuzione? Oppure hai messo di default dei font che non dispongono degli accenti nei punti giusti? Qual è la codifica di fontenc? e quali font hai specificato se sono diversi da quelli di default?
Il capitolo 1, i cui accenti non ti appaiono, l’ha scritto tu, oppure hai fatto un copia e incolla da un altro documento (di cui ignori la codifica)?
Capisco che a questo punto l’ipotesi più probabile di discordanza delle codifiche sembra caduta e le altre ipotesi che ho fatto sono tutte molto improbabili; tuttavia, rivedere le risposte a quelle domande potrebbe essere illuminante.
Come pure è illuminante la lettura del file log, dove vedi la sequenza dei file via via caricati e le varie impostazioni che i vari paccheti impongono al tuo programma.