Dunque avevo colpito nel segno. Bene; ora abbiamo capito perché succede così e dobbiamo capire come fare per portare tutto a utf8.
Sul Mac disponi di TeXworks (nota che mutatis mutandis il lavoro lo puoi fare anche con TeXShop, ma secondo me è un poco più complesso)
1) apri il file Tesi.tex (e poi eventualmente ripeti tutto il procedimento per i file sussidiari che contengano testo) con TeXworks impostato di default con UTF-8. Le lettere codificate con applemac (MacRoman) ti apparirano come dei rombi neri con un punto interrogativo bianco al centro.
2) nella terza finestrina da destra in basso a destra secegli la codifica corrispondente ad applema, cio´MacRoma, poi riclicca sulla finestrina e nella prima riga scegli di riaprire il file con la nuova codifica; ti si apre un pannello che ti dice di che il file ha subito modifiche (tu in realtà non ne hai fatte) e ti chiede se lo vuoi riaprire lo stesso senza salvare; rispondi Si
3) ora il file riaperto dovrebbe apparirti senza rombi neri; se non fosse così scegli altre codifiche che siano in qualche modo legate al Mac (apple Roman, roman8,…) finché riaprendo il file i rombi neri non ci sono più.
4) ora clicca di nuovo nella solita finestrina e scegli UTF-8, poi salva
Finalmente hai convertito il fila nella codifica giusta; copia i file così convertiti sul PC Linux lasciandolo impostato a UTF-8. Ti conviene inserire nella prima riga dei file convertiti la riga
`
% !TEX encoding = UTF-8 Unicode
`
In questo modo gli editor che sono capaci di interpretare questa riga di commento, si autoconfigurano per usare questa codifica, se per caso non lo fossero già; se l’editor non fosse capace di interpretare quella riga, la persona che lo sua appena apre il file vede la riga e sa come comportarsi per usare come si deve il suo editor.
Natrualmente il main file, sia su Mac sia su Linux avranno la stessa riga riga \usepackage[utf8]{inputenc}