Un nome di file con un altro punto interno prima dell’estensione sarebbe una cosa da evitere semrpe.
No, non devi creare il file aux. Questo file te lo crea pdflatex quando lo esegui sul tuo documento principale; poi, dopo aver compilato almeno una volta, clicchi sulla finestrina in alto vicino a dove sta scritto Typeseting, o l’equivalente in un altra lingua, e nel menù a discesa che si apre seleziona BibTeX; la finestrina si richiude e riclicchi su Typesetting. TexShop lancia BibTeX passandogli come argomento il nome del file aux del tuo file principale e ti compila la bibliografia, nel senso che BibTeC crea il file in linguaggio LaTeX contenente tutte le informazioni bibliografiche che hai citato, nell’ordine giusto e nella forma giusta,. Poi riclicchi sulla finestrina in alto a sinistra e riselezioni LATeX;il menù si chiude e riclicchi su Typesetting. Magia! il tuo documento PDF ora contiene anche la bibliografia composta come si deve.
Come fa BibTeX a sapre che cosa hai citato? lo legge nel file aux che la precedente compilazione con pdflatex ha creato.
Certo se non ha citato nulla la bibliografia non viene creata; se vuoi una bibliografia che contenga tutto il tuo database bibliografico, prima di \printbibliography, nel tuo documento principale, metti il comando \nocite{*}, così è come se avessi citato, anche se di fatto non l’hai fatto, tutti i riferimenti che si trovano nel tuo database il cui nome hai specificato con il comando \bibliography, e che hai crato tu tesso in un file di testo con estensione .bib. Ovviamante se il database contiene degli errori, il file.blg contiene il logo dell’esecuzione di BibTeX e lì puoi leggere nel dettaglio che errori ha trovato e perché non ha creato il file bibliografico in linguaggio LaTeX.