Ciao Tommaso,
se ho capito bene dalla documentazione, con il comando [tt]\pgfplotsset{compat=newest}[/tt] vengono sempre usate le caratteristiche dell’ultima e più recente versione di [tt]pgfplots[/tt] («The setting [tt]\pgfplotsset{compat=newest}[/tt] will always use features of the most recent version. This might result in small changes in the document’s appearance. Note that it is generally a good idea to select the most recent version which is compatible with your document»). Alla fine della pagina 5 e all’inizio della 6, vengono elencate le varie caratteristiche e modifiche introdotte nelle varie versioni di [tt]pgfplots.[/tt] Il fatto che tu abbia la TeX Live aggiornata non vuol dire che verranno usate le caratteristiche più aggiornate del pacchetto («[tt]pgfplots[/tt] has been written with backwards compatibility in mind: old TeX files should compile without modifications and without changes in the appearance. However, new features occasionally lead to a dierent behavior. In such a case, [tt]pgfplots[/tt] will deactivate the new feature»). Ti faccio un esempio: prova a compilare il primo grafico che avete proposto nella guida a pagina 12:
`\begin{tikzpicture}
\begin{axis}
[xlabel=$x$,
ylabel={$f(x)=x^2-x+4$}]
\addplot {x^2-x+4};
\legend{$d=2$}
\end{axis}
\end{tikzpicture}`
Se lo compili senza il comando [tt]\pgfplotsset{compat=newest}[/tt] e poi con, noterai che i [tt]label[/tt] degli assi nel secondo caso saranno più vicini agli assi stessi (a me tale distanza aumenta di 2.5 mm su 10.5 mm circa di un punto di riferimento preso); questo permette di avere una migliore resa grafica.
Ciao,
Marco.