Sì, stai facendo un po’ di confusione! 🙂
Innanzitutto MikTeX e TeXniCenter sono due cose ben diverse. Il primo è una distribuzione di TeX, cioè un insieme dei vari pacchetti di LaTeX e degli eseguibili. Il secondo invece è un editor che ti permette di scrivere il codice e di compilarlo premendo un pulsante, che non fa altro che eseguire i comandi
`pdflatex miofile.tex` oppure `latex miofile.tex (ma non si usa quasi più)` o altro ancora.
Non capisco cosa tu intenda dicendo che crei un pdf con MikTeX.
Il fatto che TeXniCenter non ti compili un documento in cui provi a inserire un pdf mi fa sospettare che stia provando a compilare con latex anziché con pdflatex. Dovresti provare a vedere come sono le impostazioni di TeXniCenter.
A ogni modo segui al più presto il consiglio di Claudio e cambia editor. TeXworks ad esempio lavora benissimo, Enrico ha scritto una guida che trovi sulla sua pagina e c’è un paragrafo specifico anche nell’Arte.
Francesco