Ciao,
il problema è stato più e più volte dibattuto sul forum. Non c’entra la lingua italiana, bensì la codifica con cui vengono scritti i file. Devi assicurarti che la codifica del file, la codifica che specifichi con [tt]inputenc[/tt] e la codifica che è specificata nelle opzioni dell’editor combacino. Evidentemente questo è vero per il tuo file master, ma non per gli altri che carichi tramite [tt]\input[/tt], per questo se il testo lo scrivi nel master non hai problemi, mentre se è scritto nei figli si. TeXStudio dovrebbe mostrare la codifica con cui è scritto il file in basso a destra (se non ricordo male). La cosa più semplice da fare è creare un nuovo file per ogni file sbagliato con la codifica giusta e incollarci dentro il testo.
Ciao
Fra