Quel template della Federico II è fatto con Word: scaricandolo da DropBox, non si ricava un file pdf, ma un file doc che si chiama 885MODULO_STUDENTI_TESI-116003651653-ModelloTesiSpecialistica.doc
Aprendo questo file con Word e cliccano sul bottone del menu “Layout” si leggono tutti i margini che si vogliono, che sono di 2cm da tutti i lati, tranno il margine superiore che è di2,5cm. In tealtà quando si vanno a vedere la pagine interne il margine sinistro di 2c, vale solo per la testatina,, perché il testo ha un margine di 2,5cm.
Inoltre le pagine pari e quelle disperi hanno lo stesso layout; questo implica che con LaTeX si può usare la classe book, ma bisogna specificare l’opzione onreside a \documentclass, come in effetti hai fatto anche tu. l’opzione titlepage è di default con la classe book, quindi non occorre specificarla.
Piuttosto tieni presente che usando geometry, il top, che farebbe pensare al \topmargin, non è il margine superiore, ma lo spazio sopra la griglia del testo sotto alla testatina.
Insomma, con geometry puoi definire quanti stili di pagina vuoi, con fancyhdr puoi definire quanti stili di testatine e piedini vuoi, e le due cose combinate assieme ti permettono di ottenere quello che vuoi. Ma devi leggere con attenzione la documentazione sia di geometry sia di fancyhdr; ti potrebbe essere utile leggere anche la guida tematica (qui sopra nella sezione documentazione) che ti permette di capire ogni dettaglio per la gestione dello stile della pagina.