Certo, se avessi letto la documentazione di toptesi, sapresti che toptesi ricomincia da 1 la numerazione delle pagine al primo capitolo numeroto.
I template per le tesi sono delle situazioni un po’ rigide, del tipo prendere o lasciare. Se prendi toptesi, accetti quello che toptesi ti può dare.
Visto che ho scritto toptesi (certametne non per essere usato sotto LyX) non ho nessuna difficoltà a raccomandarti qualche altro template per tesi che sia più mite con LyX; io non ne conosco, nel senso che tutti i template per tesi, chi più chi meno, sono tutti piuttosto rigidini e del tipo prendere o lasciare. certo LyX interferisce con le sue idiosincrasie con i file di classe e con i file di estensione non esplicitamente creati per LyX. Con un editor tradizionale, e non con un editor che pretenderebbe di darti sullo schermo una buona imitazione di quello che LaTeX comporrà, facendoti credere di lavorare con una cosa del tipo WYSIWYG come Word, Writer, e simili, potresti fare quello che vuoi. Purtroppo hai già dichiarato di dover continuare con LyX, quindi…