Non si tratta di un errore di aggiornamento, visto che i pacchetti da aggiornare li ha aggiornati tutti.
Il punto è che ora gestisce diversamente la generazione delle mappe dei font rispetto a come veniva fatto con le versioni di TL preceenti alla 2012; ho anche inviato un messaggio a questo proposito un mesetto fa nel filone TeXLive 2012 qui sul forum.
Hai dei font tuoi che vuoi aggiungere alle mappe? Benissimo, ma non modificare /usr/local/texlive/2012/texmf/web2c/updmap.cfg; che magari avevi modificato con la 2011, ma scrivi una nuova updmap.cfg in …texlive/texmf-local/ oppure nel tuo albero personale, rispettando la struttura delle cartele conforme alla TDS, TeX Directory Structure.
Oppure guarda la/usr/local/texlive/2012/texmf/web2c/updmap.cfg e controlla quello che c’è scritto dentro; la riga che contiene ${PKGNAME}.map probabilmente dovrebbe essere commentata. Dovrebbe servire solo per indicare al struttura delle righe che formano la struttura dei file di configurazione.
Comunque voglio andare a fondo di questa faccenda, perché sulla base del tuo messaggio ho ricevuto lo stesso errore nella generazione dei file delle mappe, quindi, la cosa non è isolata.