Sì, è stata cambiata, ma io non ho trovato nessuna difficoltà a adattare le mie precedenti mappe personali e file di configurazione personali al nuovo modo di procedere, anzi lo trovo più semplice del precedente.
Ho scritto anche un messaggio sil filone TeX Live 2012 a questo proposito; ora con l’ultimo aggiornamento di qualche giorno fa ho scoperto che il trucco di usare un alias non funziona e che bisogna eliminare ogni file updmap-local.cfg o meglio, basta cambiargli il nome per davvero, non semplicemente crearne un nome fittizio che punta la nome vecchio.
Per altro è tutto spiegato nella documentazione di tlmgr: texdoc tlmgr; be’, non proprio, ma dice nella pagina 14:
For managing your own fonts, please read the updmap −−help information and/or <http://tug.org/fonts/fontinstall.html>.