L’autore del pacchetto toptesi non ha nulla da dire, perché quando in toptesi si specifica l’opzione pdfa, viene caricato il pacchetto pdfx.sty con l’opzione a-1b, che, appunto crea il file pdf conforme allo standard PDF/A-1b. Tutto il resto lo fa il pacchetto pdfx, che a sua volta carica hyperref cone certe ozioni e non ho la più vage idee di quali siano, o meglio, lo so, sono pdftx e pdfa, ma non so che cosa ciascuna faccia; pdfa dovrebbe rendere inattivi tutti gli ulr esterni, perché non fanno parte dello standard PDF/A (né 1a né 1b), ma per il resto non saprei.
Direi di non specificare l’opzione pagebackref; se davvero è già caricata, funziona da sola, altrimenti vuol dire che non si può usare; ma non è colap di toptesi, è colpa della particolare implementazione dello standard PDF/A-1b reso con il pacchetto indicato.
Puoi provare, seguendo le indicazioni in toptesi-doc o toptesi-doc-xetex, non usare l”opzione pdfa per toptesi, ma compilandolo regolarmente, poi convertendolo in PDF/A-1b usando il metodo che ricorre a ghostscript. Non ti garantisco niente, ma puoi sempre provare.