Allora la tua cartella con gli eseguibili c’è. bne.
il comanddo echo $PATH hai già detto che ti mostra:`nedu@nedu:~$ which tex
/usr/local/texlive/2012/bin/x86_64-linux/tex
nedu@nedu:~$ echo $PATH
/usr/local/texlive/2012/bin/x86_64-linux:/opt/texbin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games
nedu@nedu:~$`
dunque Enrico ti aveva chiedo di mostrare che cosa ti rispondeva a which pdflatex; tu hai mostrato che cosa risponde a which tex; non è esattamente la stessa cosa. Io ti chiedo che cosa risponde a which fmtutil-sys?
Noto che nel tuo path compare sia [tt]/usr/local/texlive/2012/bin/x86_64-linux:[/tt] sia [tt]/opt/texbin:[/tt]
da me compare solo [tt]/usr/texbin:[/tt] — capisco che il mio è un mac e non Ubuntu. può darsi che sia giusto /opt/texbin, purché questo file sia un link simbolico correttamante creato per puntare all’indirizzo giusto, che per altro tu avresti nel primo elemnto del path.
Ho la sensazione che i tuoi problemi siano tutti lì.