rigenera quei link simbolici agli stessi file con estensione .sh. Il problema è che probabilmente devi creare i link simbolici sul, diciamo, Desktop, poi devi muoverli dove ci sono quelli interrotti ,a lo devi fare con le prerogative del superuser, quindi qualcosa come`sudo ln s ../../texmf/scripts/tetex/fmtutil.sh fmtutil` (e analogamente per fmtutil-sys) verifica che il link simbolico sia eseguibile, eventualmente usa il comando chmod con i debiti numeri (7 vuol dire esegui, scrivi, leggi).
Forse, invece, devi scrivere una piccola procedura sh che ti lanci la procedura fmtutil.sh trasferendole tutte le opzioni.
Nel frattempo, se non riesci a ristabilire i link corretti, o se non riesci a cavartela reinstallando solo quella parte del sistema TeX che contiene quegli eseguibili e quei lik, puoi sempre lanciare direttamente quei comandi shell: direi una cosa del genere:
`
sudo sh /usr/local/2012/teexmf/scripts/tetex/fmutil.sh –all
`
Tieni presente che sto navigando a vista, quindi prendi tutto con le molle; qui ho sottomano solo un Mac, nel quale le cose dipendenti dalla macchina sono realizzate in modo diverso, quindi non sono certamente né preciso né affidabile. Me ne scuso, ma non posso essere più preciso; se qualcun altro con una macchina Ubuntu sottomano vuol darti indicazioni più precise, ben venga.
Attento: tra i moduli installati o installabili tlmgr c’è anche il modulo tetex; probabilmente lo puoi disinstallare completamente e poi subito dopo installarlo di nuovo; questo potrebbe cura re il tuo problema; non ne sono sicuro, ma ci proverei.