Pensavo tu usassi solo topfront. Con toptesi il problema è più sottile, perché è il pacchetto toptesi che richiede topfront, il quale a sua volta vuole inputenc con latin1.
L’unica possibilità che vedo è: (1) scrivere a Beccari che corregga l’errore;
(2) creare un file toptesim.sty uguale a toptesi.sty che però, alla fine, abbia \RequirePackage{topfrontm}
(3) creare un file toptesim.cls uguale a toptesi.cls che richiami toptesim.sty invece che toptesi.sty (basta cercare e sostituire le occorrenze)
(4) creare un file topfrontm.sty uguale a topfront.sty ma cancellando la riga \RequirePackage[latin1]{inputenc}In alternativa, rinunciare alla codifica UTF8.
Aggiungo qualcosa: prova a dare `\documentclass[utf8]{toptesi}`Potrebbe risolvere il tuo problema. Continuo però a pensare che la classe non dovrebbe caricare codifiche esplicite.
Ciao
Enrico