Il primo consiglio che posso darti, vedendo il tuo sorgente, è quello di cambiare la codifica con la quale scrivere e scegliere utf8 oppure latin1 perché la codifica applemac è fortemente sconsigliata. Nella documentazione di questo forum troverai un interessante articolo che spiega la questione.
Riguardo al problema del font, mi sembra di capire che tu abbia impostato il font dei paragrafi senza grazie.
Puoi provare con questo:
`
\usepackage{titlesec}
\titleformat{\section}[block]
{\filright\normalsize\bfseries}
{\thesection.\enskip}{0pt}{}
\titlespacing{\section}{0pt}
{2pc plus 2pt minus 2pt}
{1.5pc plus 2pt minus 2pt}
`
e con comandi analoghi per il capitolo e le sottosezioni. Prima, però, sarebbe meglio che leggessi la documentazione di titlesec.
Ciao,
Andrea