Sicuramente carichi più pacchetti di quelli che effettivamente di fatto usi, e questo in generale è un male.
Se sei su un Mac, come mi pare di avere capito e usi TeXshop TeXworks non avresti bisogno di specificare pdflatex come motore di composizione perché è di default, ma comunque è sempre meglio che niente. Se lavori con TeXstudio verisone 2.4, per mia esperienza capisce la specificazione della codifica, ma non la specificazione del programma da eseguire; può darsi che io non abbai fatto gli esperimenti giusti, ma ti ho detto quale sia la mia esperienza; se però usi TeXstudio o TeXmaker e clicchi sul bottne build, controlla, ma mi sembra che lanci latex+dvips+ps2pdf, il che spiegherebbe sia la presenza del dvi, sia il fatto che non ti include il frontespizio. Se lavori con TeXstudio o TeXmaker controlla come sono definiti i motori corrispondenti ai pulsanti, eventualmente configurali in modo diverso, oppure agisci da linea di comando; è noioso, ma non è difficile:
`pdflatex -synctex=1 tesi
pdflatex -synctex=1 tesi-fnt
pdflatex -synctex=1 tesi`
Se la finestra comandi è attiva, anche su Windows, premendo la freccia in alto viene richiamato l’ultimo comando dato che puoi modificare semplicemente senza riscriverlo tutto; la terza volta premi due volte il tasto freccia in su e richiami nella finestra il primo comando.
Invece ti suggerirei di sostituore
\usepackage{makeidx}
\makeindex
con`\usepackageimakeidx}
\makeindex[intoc]`
e al posto di:
\clearpage
\phantomsection
\addcontentsline{toc}{chapter}{\indexname}
\printindex
metti soltanto`\printindex`
Leggi la documentazione di imakeidx prima di seguire il mio suggerimento; scoprirai che imakeidx ti permette di costruire diversi indici analitici e di compilarli in diretta senza bisogno di lanciare il programma makeindex (tante volte quanto sono gli indici analitici), ti consente di metterne le indicazioni nell’indice generale, di attribuire loro nomi diversi da quello di default, eccetera. Lanci una volta pdflatex sulla tua tesi e il/gli indice/i analitico/i sono fatti direttamente e aggiornati all’ultima modifica dei file sorgente, senza bisogno di fare altro.