Mi pare che sbagli domanda:il problema non è makeidx o imakeidx; il problema è la bibliografia, direi. O meglio, come fa l’indice analitico a sapere che \cite deve anche mettere qualcosa nell’indice analitico?
Mi parrebbe che se tu scrivessi`Prova\footnote{Nota di prova; \cite{bembo:donnini}\index{Donnini, Andrea}.}` forse ti potrebbe apparire l’informazione corretta anche nell’indice analitico. All’occorrenza potresti ridefinire \cite, in modo che se si trova in nota produca anche l’entri per l’indice. io non saprei come fare e non ci penserei mai a farlo in una situazione reale; ma quello che scrivo io è evidentemente di natura diversa da quello che stai scrivendo, quindi per te potrebbe essere importante, mentre per me sarebbe inutile.