Mi stupisco che tu ci abbai messo un’ora ad installare gli urw-gramond, visto che nella distribuzione completa di TeX Live sono già installati (almeno quelli matematici — quelli di testo di tipo Type 1non contengono le lettere greche).
Forse lo sono anche un una distribuzione MiKTeX completa. Certo se si usano distribuzioni incomplete, cosa che sconsigliamo sempre, si va incontro a guai come quelli che sono capitati a te.
Ho verificato con FontForge il contenuto di tutti fi file matematici che l’autore di mathdesign ha predisposto per l’uso con i font Garamond; in effetti in tutti compare sempre la \kappa a forma di x corsiveggiante; non c’è nessuna \kappa variante, come esiste per la \rho, per la \epsilon, eccetera. Se ci fosse stata, forse sarebbe bastato usare \varkappa al posto di \kappa, come succede per le altre lettere che dispongono di varianti.
Se vuoi conservare il Garamond, conserva anche la \kappa che ti viene con questi font, e non ti preoccupare; a te non sarà familiare, ma a molti altri lo è; quando ero a liceo era l’unica forma che conoscevo per la \kappa; quindi tutti quelli che hanno fatto il classico dovrebbero riconoscerla senza problemi; gli altri si abituano, e se temi che non lo facciano, la prima volta che ne usi una, metti una nota dicendo che quella è la forma classicheggiante della kappa greca minuscola, l’unica disponibile con i font urw-Garamond.