Per il separatore delle migliaia, ti ha già risposto Claudio, comunque per essere completi usa:
`\pgfplotsset{/pgf/number format/.cd, use comma, 1000 sep={\,}, min exponent for 1000 sep=4}`per indicare che la separazione ha inizio dopo il numero 10000.
Per avere le ordinate in km/s, è sufficiente applicare un filtro. Tra le opzioni di axis aggiungi [tt]y filter/.code=\pgfmathdivide{#1}{1000}[/tt]. A questo punto le impostazioni sul separatore delle migliaia sono superflue.
Per il terzo problema, non so. Il codice mi sembra a posto. Potresti allegare in un file compresso i file dei dati? Altrimenti il codice è incompilabile…
Ciao
Edit: prima di allegare i dati, puoi provare a vedere per conto tuo che succede aggiungendo alle opzioni di axis [tt]restrict y to domain=0:5.6[/tt]