Devi aggiornare MiKTeX 2.9 ma non è una questione di pacchetti, bensi una questione di programmi.
Io butterei a mare MiKTeX 2.9, nonostante le benemerenze di questa gloriosa distribuzione; ma oggettivamente ho usato MiKTeX forse per 15 anni, ma da quando non uso più macchine Windows non so più come si faccia ad aggiornare solo i programmi.
Io installerei TeXLive 2012 completa; il programma di installazione lo trovi seguendo le indicazioni scritte nell’Arte di scrivere con LaTeX
Data al vecchiaia del tuo MiKTeX 2.9 (non che sia vecchio in assoluto, ma potresti non avere aggiornato i programmi da quando l’hai installato 3 annia fa) potresti mancare anche di pdfcrop, e potresti mancare di un interpete perl per Windows, quindi se anche l’avessi non potresti usare pdfcrop per mancanza dell’interprete perl. Caso mai cerca in rete. Ma la soluzione è quella di installare TeXLive 2012 che sulle macchine Windows installa anche un interprete perl, ridotto ma funzionante.
Se hai gview (l’interfaccia grafica per ghostscript) e naturalmente hai anche ghostscript (che è alla base anche di epstopdf) puoi scontornare i file eps e salvarli in formato pdf in un colpo solo.
Ma il tuo problema, da quel che descrivi, è solo e soltanto un problema di contorni bianchi, magari l’intera pagina A4 su cui sono stati salvati da Matlab. È quindi urgente che tu riesca a scontornare.
Esisterebbe anche la possibilità di usare le opzioni trim e viewport di \includegraphics, ma è difficile specificare le coordinate della finestra di cui non vuoi stampare l’esterno. Possibile, ma lentissimo.