No, il tuo non è un esempio compilabile, perché hai messo in puntini che non dicono che cosa c’è davvero; Ora siccome nelle pagine successive alla prima usi \thetable, questo numero da dove viene” viene dal comando \caption che è fra i puntini. Perciò l’intera longtable ha un numero che viene richiamato nelle intestazioni di colonna successive alla prima ma non viene incrementato nessun contatore e quindi, giustamente, le pagine della stessa tabella, le pagine successive alla prima sono continuazioni di un unica tabella e non nuove tabelle; perciò nella lista delle tabelle non è quella intestazione che produce un salto della numerazione.
Se tu trovi dei salti di numerazione, allora hai fatto qualcos’altro, ma non sono queste longtable a produrlo.