Hyperref per evitare questi casi deifnisce il comando \textorpdfstring{per il testo}{per il bookmark}. quindi enl tuo caso la formaula va nella parte “per il testo, a viene regoralamante scritta nel titolo della sezione, ma nel bookmark devi scrivere qualcosa che hyperref possa interpretare senza confondersi, per esempio, il nome della formula, se ne ha uno, o una breve frase; Nel tuo caso potrebbe essere:
`\section{The comuutation of the functions
\textorpdfstring{${\boldsymbol {\xi}}^{lm}({\bf y})$ and ${\boldsymbol {\pi}}({\bf y})$}{xi and pi}
}`
So di avere scritto una cretinata nell’esempio, perché i nomi delle funzioni che ho usato sono solo due variabili, non l’intera funzione, ma se nella \section stessa o in quella precedente hai dato un nome a quella due funzioni, per esempio F(y) e G(y) allora diventa più semplice scrivere questi due nomi (non in modo matematico) nel secondo argomento di \textorpdfstring.