Un po’ di bad boxes ci sono sempre, alcune troppo larghe altre troppo diradate; dipendono dalle righe che il programma che hai usato per comporre non riesce a dividere in sillabe in fin di riga, perché c’è qualcosa che glielo impedisce; oppure dipende da \linebreak messi male. ma non mi preoccuperei più di tanto all’inizio. Volendo si apre il file .log del file principale e si legge a partire dal fondo cercando tutti i punti in cui dà quel genere di Warning; lì dice anche il numero della riga e in quale file si trova la riga incriminata.
I pacchetti inputenc e fontenc vanno caricati solo nel main file, 3.tex, tanto per intenderci.
Suppongo che tu stia scrivendo in italiano; è noto che in italiano si usano gli accenti, che invece in inglese moderno non si usano. I font di default vanno bene per l’inglese; per ogni altra lingua che usi accenti, cediglie e altri diacritici bisogna usare la codifica T1 per i font con cui comporre. il pacchetto lmodern serve per usare appunto un genere di font che ha la codifica T1. Ce ne sono molti altri, ma quelli di default non contengono le lettere con diacritici e le compongono sovrapponendo diversi segni, con il che l’algoritmo di sillabazione può risultarne gravemente compromesso. Tanto per fare un esempio estremo, in francese électricité viene dovoso in sillabe correttamente: é-lec-tri-ci-té (con certe impostazioni per la lunghezza minima della prima e dell’ultima sillaba) con la codifica T1 e non si divide affatto con la codifica di default. 🙁 Nelle guide questo fatto viene spiegato più o meno approfonditamente, ma vien sempre citato.
Il problema di bibtex è banale; se i capitoli di prova preliminari e caitolo1 non contengono citazioni bibliografiche, bibtex non ha di che comporre la bibliografia e quindi segnala quel fatto, che non è proprio un errore, ma, direi, un avviso, un warning, per avvisare che c’è qual caso di non previsto: servono per dire: “dai una occhiata ai sorgenti, forse ti sei dimenticato qualcosa”.
Mi sembra più grave il fatto che non ci sia il file pdf. Sei sicuro di avere compilato con pdflatex e non con latex? il secondo produce in uscita il file in formato dvi, che oggi esiste ancora per certi lavori speciali, ma altrimenti non vien più usato di regola da una quindicina d’anni. Se invece hai usato pdflatex e il file pdf non c’è, in fondo al file .log (nel tuo caso 3.log) trovi scritto perché.