Se hai instalato bm.sty nell’albero locale, evidentemente non l’hai installato usando gli strumenti di installazione della tua distribuzione; quello è un pacchetto standard , un pacchetto del sistema TeX, il fatto che tu l’abbia installato a amno, oltre a produrti i danni che lamenti, indica che hai una installazione incompleta. Sono anni che raccomandiamo di non installare mai il sistema TeX in forma basic o comunque i n forma incompleta.
Quindi sia che tu usi MiKTeX sia che usai TeX Live (non la versione Debian) installa la versione compreta. Se usi TeX Live nella versioen Debian su una macchina Linux che sia Debian Comliant, installa TeX Live, quella vera (che ti serve solo per soddisfare le esigenze e le dipendenze degli altri programmi) leggendo il documento texlive-ubuntu.pdf (cerca su google).
Roberto ti ha spigeato esattamante a che cosa servono gli albero locale e peronale, quindi non servono a metterci i file di sistema. Segui le sue indicazioni, ma prima installa una versione completa e “vera”.