Per impostare un nome del file di output diverso da quello predefinito bisogna usare l’opzione di pdflatex [tt]-jobname name[/tt]. Così, se il nome del file principale tuo sorgente è [tt]pippo.tex[/tt] e vuoi che il file di output sia [tt]pluto.pdf[/tt] devi dare il comando
`pdflatex -jobname pluto pippo`
invece del solo
`pdflatex pippo`
Come si cambi questa impostazione in WinEdt non lo so (e non credo sia utile cambiare l’impostazione direttamente nell’editor per un solo documento, è meglio compilare direttamente da linea di comando). Se non hai familiarità con il terminale puoi leggere Guida tematica alla riga di comando
Non sono sicuro di aver risposto alla tua domanda: non ho capito perché il nome del tuo file di output dovrebbe essere [tt]e03.pdf[/tt] se [tt]e03[/tt] è uno dei file inclusi nel file principale (che immagino abbia un nome diverso da [tt]e03[/tt]).