Perbacco, sembra che tu non abbia letto niente sulla preparazione della bibliografia, nemmeno per una bibliografia unica.
Il database dei riferimenti è un file testuale con estensione .bib; va scritto con un preciso formato ed è di molto aiuto usare editor specifici per scrivere questo database; il programma Java JabRef funziona su tutte le piattaforem; per il Mac c’è BibDesk.app. Per tutti si possono sfruttare le possibilità offerte da TeXstudio e TeXmaker.
Il database sta nella stessa cartella del file principale del tuo documento .tex
Dopo aver fatto girare pdfLaTeX sul tuo main file, devi far girare BibTeX sul database; per questo basta cliccare l’opportuno bottone/icona di qualunque editor serio, non c’è bisogno di eseguire a mano il comando dal terminale.
Poi bisogna far girare pdfLaTeX di nuovo due o tre volte sul file principale, finché nel file log non c’è scritto più che i riferimenti incrociati potrebbero risultare modificati.
Per eseguire bibliografie separate per ogni capitolo basta invocare il pacchetto chapbib leggendone la documentazione (esistente ed abbondante) dando a mano sul terminale il comando texdoc chapbib.
Sull’Arte di scrivere con LaTeX (qui sopra nella sezione documentazione) ci sono scritte cose analoghe per arrivare al risultato con biblatex invece che con i normali stili tipo natbib o altri simili.
Secondo me l’idea di mettere una bibliografia alla fine di ogni capitolo è pessima — parere personale, s’intende; io l’ho fatto in uno dei miei libri e, a cose fatte, mi sono accorto che consumavo un mucchio di spazio in ripetizioni. Una bibliografia unica alla fine del documento va benissimo; se si è in vena di comporre diverse bibliografie tematiche, sempre una per tema in fondo al documento, si può fare, ma è in generale anche questa una leziosaggine. Alcuni laureandi mettono una Sitografia distinta dalla Bibliografia alla fine della tesi. Elencare dei siti internet in una tesi da leggere su carta è un’idea poco sensata, ma lo è ancora di più quando dopo 10 anni si scopre che nemmeno un link risulta più valido; ci fosse almeno la data dell’ultimo accesso, il lettore saprebbe che il link era valido a quella data, poi … silenzio. Mi è già capitato e cerco al massimo di evitare riferimenti ad internet; certo quando è necessario (e lo è sempre quando si cita il pensiero altrui) bisogna mettere il link, ma sarebbe meglio trovare lo stesso riferimento in biblioteca, cioè cartaceo, e citare il riferimento cartaceo.