il problema non è la lunghezza del titolo ma il fatto che in alcune pagine l’intestazione viene distribuita su più righe
Appunto, viene distribuita su più righe perché il titolo è troppo lungo.
La possibilità più plausibile è che tu abbia dei warning in compilazione che ti dicono che l’altezza della testatina è troppo piccola per tutto il materiale che ci va e (ovviamente) LaTeX impagina sulla base della testatina che tu gli imponi: sovrappone quindi il testo della testata al titolo delle sezioni o dei capitoli.
Non ci hai dato un esempio minimale e non hai indicato se nella compilazione hai errori o warning, non ti possiamo essere molto di aiuto se non ti fai aiutare.
Il mio consiglio è che tu accorci i titoli (come ti ho già spiegato prima) oppure ti guardi la documentazione del pacchetto fancyhdr. Lì c’è scritto come intervenire sulle testatine e sul contenuto del documento perché i risultati siano precisi. Una terza fonte di aiuto è sicuramente questo forum, cercando con le parole chiavi ‘testatine’ e ‘fancyhdr’.
Ciao.