Usa il programmino pdfcrop,creato apposta per smarginare immagini composte in PDF.
pdfcrop è un programmino da lanciare da riga di comando e funziona insieme alla distribuzione TeX di cui fa parte, come tutti gli altri programmi della distribuzione TeX sulla macchina specifica doe si sta lavorando.
Se stai lavroando con un Mac, allora Atemprima (o Preview), il visualizzatore di file PDF per il Mac, è in grado di smarginare ogni documento PDF di una sola pagina.
Io con i grafici Excel sul mio Mac di solito selezione l’immagine di Ecell, la copio nel “Clipboard” e poi apro Preview e importo l’immagine del Clipboard; di solito l’immagine non ha bisogno di nessun smarginamento, ma se fosse con Preview è una questione di pochi secondi lavorando con il mouse e i tasti funzione.
Su Linux e su Windows non conosco altra via che pdfcrop; non sono al corrente di nessun visualizzatore PDF che si in grado di smarginare; il fatto che io non ne sia al corrente, non vuol dire che non esistano; per esempio esiste Adobe Acropat (commerciale) che non indico come possibilità, perché implica l’esborso di alcuni biglietti da 100€ 🙁