Le pagine bianche dipendono dal fatto che usi \cleardoublepage prima di \include e che i file che includi contengono prima una introduzione/premessa inserita con \input e poi un comando \chapter che a sua volta inserisce un altro \cleardoublepage.
La soluzione a questo problema consiste nel cominciare il capitolo con l’introduzione/premessa come testo semplice, non preceduto a nessuna comando di sezionamento e poi proseguire all’interno delo stesso capitolo con la prima sezione e poi tutte le altre. Niente \input, insomma e niente \cleardoublepage espliciti o impliciti superflui; se proprio vuoi avere l’introduzione/premessa da sola, metti un \newpage prima della prima sezione.
Per i riferimenti incrociati: per caso tu esegui la compilazione con uno di quegli script che alla fine cancellano tutti i file ausiliari? Se dopo la compilazione nelle cartelle non ci sono i file aux, quello è il tuo problema; come fa LaTeX a sapere quali sono i riferimenti, se sono stati cancellati i file ausiliari della compilazione precedente?
Se questa ipotesi fosse vera, ciò che il tuo script di compilazione cancella i file ausiliari dopo la compilazione, allora dovresti avere il problema anche quando compili altri documenti senza l’uso di ‘include. È probabile che la mia ipotesi sia falsa. Tuttavia merita vedere che fine hanno fatto tutti i file aux dei vari file inclusi. Se mancano i riferimenti degli altri capitoli, mancano anche i corrispondenti file aux; questo è certo.
Segui il consiglio di Enrico; usa una sola lista di \includeonly; nessuno ti vieta di lasciare i commenti tipo %APPENDICI nella debita riga del listone; inoltre metti anche un segno di commento alla fine di ogni nome di file della lista \includeonly; forrse non è più cosi, ma mi ricordo che avevo avuto problemi in passato con lo spazio dopo la virgola. Può darsi che non sia più così, ma non guasta mettere un % anche alla fine di ogni riga.
Nota che seguendo queste regole io non ho mai avuto problemi nemmeno con testi suddivisi in una trentina di file inclusi con \includeonly e \include.