Guarda come è configurato TeXnicCenter e riconfiguralo. Meglio ancora gettalo via e usa qualcosa di più moderno, come TeXstudio, che tra l’altro ha il visualizzarore pdf integrato e sincronizzabile con il sorgente.
In ogni caso, qualunque editor tu isi non fargli mai cancellare i file di servizio; se li vuoi cancellare fallo tu a mano. Innanzi tutto compial (anche con TeXnicCenter) l’intero libro sens=za commentare nessun nome di file nelle liste \includeonly e senza commentare nellsun \includeonly.
Poi prosegui come segue.
Per ora prova ad usare il terminale. Apri il terminale che con W7 dovrebbe aprisrsi seguendo la solita strada (Avvio -> programmi -> Applicazioni -, Prompt dei comandi);cambia directory con il comando cd (change directory) indicando il percorso completo a partire dalla lettera del disco su cui la cartella del tuo libro si trova; scrivi nel terminale [tt]pdflate
Negli includeonly tu selezioni i file da compilare togliendo il segno di commento prima del nome del file da includere, ma senza commentare il comando \includeonly. È questo comando, anche se tutti i sui file sono commentati che assicura che vengano prodotti i file aux dei vari file inclusi.
A questo punto commenta (sempre con TeCnicCenter) solo i nomi dei file che non vuoi compilare: ripassa al terminale e usando la freccia in su, richiama il comando precedente che è già nella memoria del terminale; ridai il comando di inviao e lascia compilare di nuovo; ora dovresti avere il testo che contiene indici, e riferimenti tutti corretti.
Se funzuona da terminale, ma non funziona con TeXnicCenter, significa che questo è cofngurato male. Comunque che sia colpa di TeXnicCenter o di altro, ricordati di apssare ad un editor più evoluto; TeXstudio, come ti ho detto, è molto più evoluto e ti lascia il conforto di avere diverse barre di icone da cliccare; A me danno non poco fastidio, ed è per questo che preferisco usare TeXShop sul mio Mac, ma quando ho bisogno di conse particolari uso TeXworks (che hai anche tu avendo caricato sia MiKTeX sia TeXLive [ma non ha creato la scorciatora sul desktop e/o non hai configurato il tuo sistema di file per offrirti un elenco di programmi per aprire qualunque file con il tasto destro e/o usando la voce “Apri con” del menu di partura dei file]). È chiaramente una questione di gusti; quindi non sentirti obbligato a usare TeXworks solo perché ti ho detto che io lo preferisco grazie alla sua mancanza di barre di icone da cliccare 😉 TeXstudio va benissimo e per le macchine Windows direi che sia il migliore oggi fra gli editor freeware.