Non ho capito perché hai cambiato estensione al file .log; se hai ti bastava includere direttamente misure.log, senza obbligare chi ti vuole aiutare a cercare come non far aprire il file .rtf a Word, o a Writer, visto che di fatto non è un file rtf. RTF sta per Rich Text Formata, è un formato abbastanza universale, ma ricguarda file con un minimo di formattazione definita con un mark up particolare. Il file log non ha quel formato solo perché gli cambi l’estensione.
Intanto vedo che usi a4wide; non farlo: è uno dei peccati capitali degli utenti di LaTeX.
Apparentemente carichi amsfonts prima di amsmath; non è tanto corretto: carica prima amsmath, poi amssymb, poi gli altri file ams, ma non caricare esplicitamante amsfonts, perché viene caricato da amssymb che ha i comandi per accedere a quei font.
il pacchetto hyperref va caricato per ultimo, in particolare dopo il pacchetto caption, ma comunque per prudenza va caricato sempre per ultimo in assoluto.
Se puoi evita i file di stile per la pagina iniziale dei capitoli fancychap: di solito produce dei riusltati diversi da quelli standard, ma addirittura meno belli, talvolta delle cose veramente kitsch. quindi evitalo.
il pacchetto guit carica il pacchetto xcolor. Ricordatene e in particolare non caricare color dopo xcolor e/o non ricaricare xcolor.
A chi serve il pacchetto nameref; è veramente inutile.
2) il comando \includeonly ora è unico e scritto così (per il solo capitolo 5, preceduto da titolo e indici):
\includeonly{main_testa_frm,main_prefaz,main_testa_int,main_testa,titolo,indici,capitolo5int,capitolo5}
è quello che dici di avere fatto: però nel file .log c’è scritto:
`(D:\documenti\latex\misureIIed\bode_int.tex
(D:\documenti\latex\misureIIed\main_testa_int.tex)
Capitolo 5.`
senza nessuna menzione del fatto che si sia mai letto il file aux dei file bode_int e bode_text_int
In altre parole il tuo file misure.log NON contiene nessuna menzione ai file aux dei file subalterni e la pagina 93, non progressiva rispetto alla pagina 12, l’ultima emessa prima di aprire i file su bode, sembra che riceva il suo numero da un \setcounter{page}{92} che non appare esplicitamente né contenuto in un precedente file .aux nè nel file misure.aux.
Che cosa posso dedurre?
Che non segui le indicazioni che ti ho dato:
1) metti un include only che contenga una lista riferita a tutti i file da includere;
2) fai girare pdflatex almeno un paio di volte;
3) verifica che il file misure.aux contenga i nomi di tutti i file ausiliari;
4) verifica che in ogni cartella dove si trovano i file da includere accanto al file incluso ci sia anche il relativo file aux;
5) se non è così (mancano in file aux) e o mancano i loro nomi nella contenuto del file misure.aux); torna al punto 1) e rifai tutto facendo attenzione di non commettere errori;
6) cambia la lista di \includeonly in modo che contenga solo i file che ti serve comporre;
7) fai andare pdflatex;
8 ) controlla che nel file misure.log siano stati letti tutti i file aux di tutti i file inclusi; ti basta aprire il file log con wordpad.exe ( che hai a bordo del tuo pc anche se non te ne sei mai accorto;non con notepad, perché questo non riconosce i fine riga diversi da quelli standard di Windows; ti consiglio di aprire un terminale [prompt dei comandi] e di dare dalla finestra comandi il comando wordpad misure.log e vedrai che la cosa funziona) e cerca la stringa .aux e dovresti trovarne altrettante associate ai nomi dei file inclusi.
9) apri il visualizzatore pdf e verifica che tutti i riferimenti incrociati siano a posto.