TeXmakerX è una versione molto vecchia ed obsoleta di TeXstudio.
Intervenire a mano vuol dire sostituire a mano, dopo aver configurato l’editor per lavorare con l’encoding giusto, quello specificato con l’opzione data al pacchetto inputenc, tuee le lettere “sbagliate con le lettere giuste: naturalmente si possono usare le specificità dell’editor per eseguire dei “cerca e sostituisci” globali, invece di procedere una ad una.
meglio ancora, procede a mano significa usare uno di programmi di conversione, per esempio iconv, che è ampiamente descritto nella guida tematica e che è disponibile per ogni piattaforma.
A me sembra che la via più comoda per te sarebbe quella di disinstallare TeXmakerX e di installare TeXstudio, la cui ultima versione (ora è la 2.5.1) capisce benissimo le righe magiche, ma che comunque le capisce e le susa solo dopo che ti sei sistemato i file cosicché una volta salvati nella codifica giusta e conforme con l’opzione di inputenc, non hai più problemi.