Non farti incantare da sirene come LyX e simili.
Il processo di lavoro è quello di scrivere il testo concentrandosi sul test; ma usando subito il mark up di LaTeX per descrivere il tipo di testo che si sta componendo.
Compilare spesso per eliminare ovvi errori di battitura o di titolazione, o cose simili, che non hanno nulla a che vedere col testo, ma con la sua presentazione.
Alla fine, a testo ultimato introdurre quei piccoli pochi aggiustamenti che il testo richiede.
Se sono richiesto troppi aggiustamenti vuol dire che non si è scelta la classe giusta oppure che non si è usato il mark up di LaTeX in modo corretto e sistematico.
Io, personalmente, mi scrivo quasi sempre le classi per i miei documenti, e per fare questo debbo compilare spesso anche per aggiustare i comandi della classe per ottenere le strutture che mi ero prefissato di ottenere. ma, come vedi il mio modo di lavorare non è quello che usa la maggior parte degli utenti; questo deriva da “cattive abitudini” che ho sviluppato in circa trenta anni di uso di LaTeX. Non seguirele: segui il processo che ti indicato all’inizio.