Il pacchetto [tt]subfigure[/tt] è obsoleto e il suo utilizzo è deprecato. Puoi sostituirlo con il pacchetto [tt]subfig[/tt], controllando la posizione delle didascalie delle sottotabelle con il comando [tt]\captionsetup[/tt] del pacchetto [tt]caption[/tt], ma l’impostazione predefinita per le tabelle è che la didascalia vada in basso, perciò credo che non dovrai ricorrervi, a meno che in qualche altra parte del preambolo non abbia esplicitamente modificato il comportamento. Giusto per completezza, per spostare in basso le didascalie delle sottotabelle devi inserire nel preambolo
`\captionsetup[subtable]{position=bottom}`
Se utilizzi il pacchetto [tt]subfig[/tt], dovrai sostituire ogni [tt]\subtable[/tt] con [tt]\subfloat[/tt].
Alternativa al pacchetto [tt]subfig[/tt] è il pacchetto [tt]subcaption[/tt]. In questo caso dovresti fare più modifiche al tuo sorgente, perciò te lo sconsiglio.
Ciao