Benvenuta 🙂
Provo a indovinare: la riga troppo lunga ti capita nel titolo. Non è mai una buona idea usare titoli così lunghi, specialmente se poi vengono composti su più righe con un font grande, come avviene normalmente con i titoli.
La soluzione migliore sarebbe di usare un titolo più corto. In seconda approssimazione potresti provare a sillabare a mano alcune parole guardando il risultato composto, ma ti preavviso che viene fuori una cosa impresentabile. I titoli non dovrebbero mai avere delle cesure in fin di riga. Terza soluzione, cerca di dirgli tu quali sono le parolo dopo le quali andare a capo mettendoci esplicitamente il comando di “a capo” costituito dal doppio backslash: \\
Per esempio:
Oxidative stress quantification\\
under different drug pressure\\
in P. falciparum young rings.\\
Artemisinin resistance implications
Dei vari errori che compiono nel preambolo ti segnalo solo:
Non usare subfigure che è obsoleto; se vuoi usa subfig oppure, meglio ancora subcaption. Visto che sei su un Mac e hai installato MacTeX, apri un terminale, scrivici dentro texdoc subcaption, premi il tasto di invio e leggi la documentazione.
Avendo caricato amssymb è del tutto superfluo caricare amsfonts.
Hai commesso una pesante ingenuità a commentare la chiamata a inputenc con l’opzione utf8 si con l’opzione latin1, e hai scelto di usare l’opzione applemac. Il tuo file non sarà leggibile da nessun altro di noi se per caso vuoi mandarci del codice; se la tesi è tutta in inglese non hai nessun bisogno di selezionare una codifica d’entrata, perché non userai mai lettere accentate; tuttavia non guasta, specialmente se usi caratteri speciali come ˚ o § o € o altri caratteri non facenti parte dell’alfabeto latino. Piuttosto configura TeXshop (o comunque il tuo editor) in modo che non usi la codifica applemac ma usi la codifica utf8. Se hai dei problemi con le codifiche, perché hai già scritto delle cose che usano caratteri non latini, scaricati dalla sezione di documentazione la guida tematica sulle codifiche e usa TeXworks (che hai già a bordo: Applications -> TeX -> TeXworks.app) nel modo indicato dalla guida che ti ho indicato. Quella guida contiene anche una frase piuttosto “pesante” su coloro che usano la codifica applemac 😉
In particolare non hai nessun bisogno di definire un comando \degree né nel modo che hai usato né in nessun altro modo, perché con la codifica utf8 oppure latin1 e il pacchetto textcomp (da chiamare dopo lmodern) hai già i segni disponibili.
Non usare il comando \chapter fuori dal file che contiene il sorgente del capitiolo; Quindi \chapter{Titolo del capitolo} e il suo contentu devono susseguirsi dentro lo stesso file; per intenderci:`\chapter{Aims of the project}
\include{chapter_two}` è profondamente sbagliato; quel titolo “Aims of the project” va dentro il file chapter_two.tex; se hai compilato il tuo esempio hai capito anche perché quella disposizione di comandi è profondamente sbagliata — a meno che il testo di “Aims of the project” non sia seguito dal contenuto del capitolo direttamente nel main file — a nel tuo listato non è così.
Per favore, la prossima volta che alleghi un listato .tex non cambiargli l’estensione e non allegarlo come hai fatto tu, ma usa i debiti tag che ottieni cliccando sulla fila di icone che compiono sul bordo superiore del tuo messaggio: i tag giusti sono quelli che ottieni cliccando sull’icona costituita da un rettangolo bianco contenente la sequenza di segni in blu <>; poi ti basta fare un copia (dal tuo file .tex) e incolla (nella finestra del messaggio fra i due tag che delimitano il codice sorgente nella finestra del messaggio.
Infine il tuo file che hai chiamato preambolo.txt non contiene il preambolo, ma il file principale, gergalmente chiamato main file; in gergo TeX il preambolo comincia con `\documentclass` e finisce con `\begin{document}`
Scusa la pignoleria, ma è meglio usare le parole giuste, altrimenti non ci si capisce.